Giải Mã Nhân Tâm II kể về Sau cái chết của vợ-Mạc Mẫn Nhi (Từ Tử San), Cao Lập Nhân (Phương Trung Tín) gia nhập vào phòng điều trị bệnh nhân tâm thần, cùng với đồng nghiệp Trác Tuệ Kiều (Mông Gia Tuệ) chẩn đoán và điều trị bệnh nhân. Trong 1 vụ án, Cao Lập Nhân-Trác Tuệ Kiều khám phá ra tội phạm thuộc về 1 giáo phái bí ẩn và vụ án này cũng giúp họ thân thiết với CID-cảnh sát Lâm Tụng Ân (Dương Di), phòng điều trị và cảnh sát bắt đầu có các mối quan hệ chặt chẽ với nhau. Trác Tuệ Kiều cũng giúp cho Cao Lập Nhân thoải mái hơn trong chuyện tình cảm của anh. Dưới sự giúp đỡ của bạn thân Liên Chí Sâm (Tưởng Chí Quang) và Lương Khải Vinh (Tiêu Chính Nam), Cao Lập Nhân bắt đầu lại cuộc đời mới cho mình. Đột nhiên, 1 vụ giết người liên hoàn khủng khiếp xuất hiện và Cao Lập Nhân phát hiện Lâm Tụng Ân có dính líu đến, cô cũng có vấn đề về tâm thần…
